A gestão transfronteiriça é uma etapa importante na implementação da Janela Única, que exige que as Alfândegas, Agências Reguladoras de Fronteiras (CBRAs) ou de outra forma sejam referidas como Ministérios, Departamentos e Agências de Controle (MDAs) e operadores de comércio externo possam, em conjunto examinar requisitos de informação, fluxo de mercadorias e processos. Os MDAs têm responsabilidades específicas para manter os regulamentos sobre importações ou exportações de determinados bens para assegurar a saúde e segurança do consumidor, padrões relacionados a equipamentos de telecomunicações, produtos farmacêuticos, bens de uso duplo e outros riscos de segurança econômica associados ao comércio.

Esta plataforma do MDA que faz parte da Janela Única de Moçambique permite, as partes envolvidas no comércio:

• apresentar informações padronizadas, principalmente eletrônicas, com um único ponto de entrada para cumprir todos os requisitos regulatórios relacionados à importação e exportação, para aprovação pelos respectivos MDAs que mantêm seus próprios guias de importação ou exportação.
• Processamento da Referência Única de Consignação (UCR), que é uma referência única atribuída eletronicamente a quaisquer transações comerciais o mais cedo possível durante o ciclo de comércio para a administração e controle de transações transnacionais.
• Processamento do módulo de Termo de Compromisso (LOC) que é utilizado para a intermediação de transações de comércio exterior.

As principais agências envolvidas nos processos acima devem ser migradas para a plataforma.